Pada musim panas 1998, Fergie kembali mentransfer seorang penyerang, Dwight Yorke dari Aston Villa, bek tangguh dari Belanda, Jaap Stam dan winger serba bisa Jesper Blomqvist dengan total nilai transfer mencapai hampir £30 juta. Dengan kedalaman skuat United mereka, Setan Merah mencapai kesuksesan mereka pada musim ini dengan raihan 3 trofi juara dalam semusim (dikenal dengan nama "The Treble") lewat beberapa pertandingan yang meguras emosi Fergie. Pertama adalah saat United berhadapan dengan Juventus di semi final Liga Champion. Menit-menit awal merupakan mimpi buruk bagi United ketika Juve unggul dengan 2-0, namun lewat penampilan heroik sang kapten United, Roy Keane, Setan Merah berhasil membalikkan keadaan dengan unggul 3-2 dan melaju ke final pertama mereka di ajang Liga Champion sejak tahun 1968.
Keane sendiri, bersama Paul Scholes, gagal tampil dalam laga final melawan Bayern München. Pada ajang semifinal Piala FA, Keane dikartu merah saat melawan rival domestik United, Arsenal dan menyebabkan pinalti pada menit-menit akhir laga. Peter Schmeichel kemudian tampil sebagai pahlawan dengan menghadang pinalti tersebut dan Ryan Giggs mencetak gol sensasional penutup laga setelah sendirian ia mendribel bola melewati sebagian pemain Arsenal.
United kemudian memenangkan final Piala FA setelah mengalahkan Newcastle United lewat gol Sheringham dan Scholes, 2-0. Sebelum Final Piala FA Fergie telah memastikan diri sebagai Juara Liga Inggris. Laga final Liga Champion diawali lewat gol Bayern München pada menit-menit awal. Pada saat turun minum, Fergie memompa semangat skuatnya dan memasukkan dua penyerang, Sheringham dan Solskjaer untuk mengejar ketinggalan dari Bayern. Pilihan Fergie terbukti jitu, saat laga memasuki 3 menit tambahan (injury time), Beckham melambungkan bola dari sepak pojok yang kemudian disambar oleh Teddy Sheringham, 1-1. Bayern yang dalam tekanan hebat dari United kembali terkena sepak pojok, yang kembali diambil oleh Beckham. Bola lambung dari Beckham kali ini diarahkan ke mulut gawang Bayern yang dijaga oleh Oliver Kahn, yang tidak mengantisipasi pergerakan Solskjaer di depan gawangnya. Umpan itu pun disontek pelan oleh Solskjaer ke dalam gawang Bayern sehingga membalikkan keadaan menjadi 2-1 pada menit tambahan ke 3.
Pita merah-hitam yang melambangkan warna seragam Bayern, yang telah melilit Piala Liga Champion pun diganti oleh warna merah-putih, warna kebesaran Manchester United. Pada akhir musim Alex Ferguson dianugerahi gelar kebangsawanan Inggris, namanya pun resmi menjadi Sir Alex Ferguson. Musim ini juga menjadi musim terakhir bagi Peter Schmeichel di United, ia memilih pindah ke klub liga Portugal, Sporting Lisbon. Fergie kemudian mengambil Mark Bosnich dari Aston Villa untuk menggantikan posisi Schemeichel.
Pada musim 1999/00 dominasi United bersama Fergie semakin terlihat di klasemen akhir Liga Inggris, dimana Setan Merah unggul jauh atas rival mereka dengan 18 poin. Pada Desember 1999 United meraih trofi Piala Toyota mereka yang pertama dalam sejarah klub dengan mengalahkan Palmeiras di final. Giggs keluar sebagai pemain United pertama yang meraih gelar pemain terbaik pada ajang ini.
Kepiwaian Fergie dalam mengembangkan United sebagai merek global tutur mendongkrak performa klub pada ajang kompetisi. Hal ini membuat United menjadi magnet bagi pesepak bola terbaik dunia untuk bergabung di Old Trafford. Pada akhir musim Fergie mendatangkan Ruud van Nistelrooy dari PSV Eindhoven seharga £18 juta, rekor pembelian pemain bagi klub Inggris saat itu, namun karena cedera maka United menunda kedatangan Nistelrooy setahun berikutnya. Fabien Barthez juga didatangkan dari AS Monaco senilai £7.8 juta, menjadikannya sebagai kiper termahal dunia saat itu. Barthez menggantikan posisi Bosnich dan Massimo Taibi sebagai kiper yang tampil buruk sepanjang musim.
Musim 2000/01 diakhiri United dengan raihan Liga Premier Inggris untuk yang ketiga kalinya secara beruntun. Fergie jelas menjadi figur penting dalam raihan trofi United selama 3 musim terakhir. Namun performa United pada Liga Champion menemui kegagalan setelah kalah pada perempat final oleh Real Madrid pada musim 1999/00 dan Bayern München pada musim 2000/01. Pada akhir musim 2000/01 United mentransfer Juan Sebastián Verón dari Lazio senilai £28.1 juta. Verón menjadi pemain termahal yang pernah dibeli oleh Fergie saat itu.Ia bergabung bersama dengan van Nistelrooy yang telah sembuh dari cederanya tahun lalu.
